Nors sunkumų patiriama visose ES valstybėse narėse, jų pobūdis ir mastas šalyse labai nevienodas. Susiduriama su tokiomis problemomis kaip nepalankūs teisės aktų pakeitimai arba netinkamas įstatymų įgyvendinimas; kliūtys, siekiant užsitikrinti finansinius išteklius ir savo tvarumą; sprendimų priėmėjų neprieinamumas ir sunkumai, patiriami siekiant prisidėti prie įstatymų kūrimo ir politikos formavimo; taip pat išpuoliai prieš žmogaus teisių gynėjus ir priekabiavimas prie jų, įskaitant neigiamą retoriką, kuria siekiama paneigti PVO teisėtumą ir jas stigmatizuoti. Pagrindinių teisių agentūros parengtoje išsamioje ataskaitoje atsižvelgiama į įvairias sunkumų, su kuriais pilietinės visuomenės organizacijos susiduria visoje ES, rūšis ir pobūdį, taip pat atkreipiamas dėmesys į perspektyvią praktiką, kurią pasitelkus galima kovoti su tokiu nerimą keliančiu pobūdžiu.